Ils se faisaient les yeux doux depuis janvier 2008. Faute de pouvoir le nommer ministre « d’ouverture », Nicolas Sarkozy confie à l'ancien ministre socialiste Claude Allègre une mission officielle. Dans une lettre de mission datée du 23 juillet 2008 et rendue publique le 28 août par l’Elysée, le président de la République écrit à Claude Allègre que son "objectif" est de "faire en sorte que l'économie de la connaissance devienne (...) un moteur de développement de l'Europe". Il charge l'ancien ministre de l'Education nationale, de la Recherche et de la Technologie de "faire des propositions concrètes pour mettre en place cette nouvelle stratégie" et "d'organiser à cet effet les Assises européennes de l'innovation à l'automne 2008". Claude Allègre doit prendre ses fonctions à partir du 1er septembre 2008.
Dans un entretien accordé au Figaro Magazine , l’ancien ministre explique son choix : "Ayant organisé en France les Assises de l'innovation, participé à l'élaboration de la stratégie de Lisbonne, comment aurais-je pu refuser cette proposition", confie-t-il. "Certes, je ne suis pas un magicien, mais, avec l'aide de personnalités européennes qui ont accepté d'enthousiasme d'apporter leur concours à cette entreprise difficile, nous ferons de notre mieux. Le dynamisme du président français est pour nous tous un sujet d'espoir".
