Jean-Baptiste Carpentier a été conseiller éducation, enseignement supérieur et recherche dans le cabinet du Premier ministre François Fillon, de septembre 2008 à juillet 2010, avant d'être nommé conseiller maître en service extraordinaire à la Cour des comptes.

Ancien élève de l'Ecole normale supérieure (ENS) de Saint-Cloud (1967-1972), Jean-Baptiste Carpentier est agrégé de lettres modernes (1971). Assistant à l'université de Valenciennes à partir de 1976 puis maître assistant, il consacre son doctorat d'Etat obtenu à Paris 4 à "l'image politique, éléments d'une rhétorique de l'affiche électorale" (1981). Vice-président de l'université de Valenciennes (1984-1998), il est également directeur-adjoint de l'Institut des sciences et techniques de l'université (1985-1989). Nommé professeur à Paris 4, il prend la direction adjointe du CELSA en 1989 puis sa direction jusqu'en 2003-2004. Il est alors nommé recteur de Caen, fonction qu'il occupe jusqu’à sa nomination comme recteur de l'académie de Rennes, chancelier des universités, en juillet 2006. Jean-Baptiste Carpentier a été chargé de missions d'expertise auprès du ministère de l'Education nationale, notamment en 1988 sur l'enseignement audiovisuel en France, du CAP au titre d'ingénieur. Expert auprès du Comité national d'évaluation (CNE), il a été également membre puis président de la 71ème section (sciences de l'information et de la communication) du Conseil national des universités.

Jean-Baptiste Carpentier est Commandeur dans l'Ordre des Palmes académiques, Chevalier dans l'Ordre national du Mérite et Chevalier dans l'Ordre national de la Légion d'Honneur.
Biographie mise à jour en février 2011.