Développement et application de méthodes bioinformatiques pour la recherche de gènes de sRNA à boîtes H/ACA dans les génomes d'archaea et étude foncti

Divers
Université
Sous la direction de Christiane Branlant Thèse soutenue le 27 novembre 2007: Nancy 1 La conversion des résidus U en pseudouridine (Y) est la modification la plus fréquente dans les ARN. Cette réaction est catalysée par des ARN:Y-synthases qui fonctionnent soit seules, soit au sein de particules snoRNP H/ACA composées de 4 protéines et d'un snoRNA. Celui-ci assure la reconnaissance de l'ARN cible par appariement de bases. Les pseudouridylations des ARNr eucaryotes sont catalysées par des snoRNP alors que les modifications des ARNt sont catalysées par des enzymes dépourvues de guide. Aucun snoRNA H/ACA n'est décrit chez les Bactéries. Trois équivalents des snoRNA H/ACA (sRNA H/ACA) avaient été découverts chez les Archaea lorsque j'ai débuté ma thèse, mais leur contribution aux modifications des ARNr n'avait pas été démontrée. Nous avons développé une approche bioinformatique permettant l'identification exhaustive de gènes de sRNA H/ACA et de leurs cibles. Nous avons ainsi identifié 7 sRNA H/ACA chez Pyrococcus abyssi et détecté 14 Y dans les ARNr. Nous avons réussi la reconstitution de particules H/ACA actives in vitro, ce qui nous a permis d'étudier leur mode d'assemblage et d'assigner 12 des Y détectées aux 7 sRNA. L'application à d'autres espèces d'archaea de l'approche bioinformatique développée nous a permis d'identifier environ 90 sRNA, nous avons ainsi pu étudier leur évolution. De plus, nous avons expérimentalement démontré pour la première fois qu'un sRNA H/ACA est impliqué dans la modification d'un ARNt. Enfin, nous avons montré que l'enzyme aCBF5 des sRNP H/ACA peut catalyser la pseudouridylation en position 55 des ARNt sans utilisation de sRNA et nous avons identifié des résidus de aCBF5 impliqués dans les activités guidée et/ou non guidée. -Pyrococcus abyssi The conversion of U into Pseudouridine (Y) residue is the most prevalent RNA modification. This reaction is catalysed either by stand-alone RNA:Y-synthases or by H/ACA snoRNPs composed of 4 proteins a

Il n'y a aucune évaluation pour l'instant.


Soyez le premier à l'évaluer

Donnez votre évaluation
Développement et application de méthodes bioinformatiques pour la recherche de gènes de sRNA à boîtes H/ACA dans les génomes d'archaea et étude foncti
* Champs obligatoires
Votre commentaire
Vos notes
Clarté du contenu
Utilité du contenu
Qualité du contenu