Joël Allain a dirigé l’ENSI (École nationale supérieure d’ingénieurs) de Bourges d'avril 2005 à décembre 2013. A cette fonction, il a notamment préparé la fusion de l'école avec l'ENI de Blois qui ont donné naissance, le 1er janvier 2014, à l'Insa Centre Val-de-Loire.
En janvier 2014, Joël Allain a alors pris la fonction de directeur général des services du conseil général du Cher.

Après avoir fréquenté les classes préparatoires mathématiques supérieures et spéciales, Joël Allain obtient, en 1979, le diplôme d’IPES (Institut de professeurs de l’enseignement secondaire). Il poursuit ensuite ses études à l'ENSIETA (École nationale supérieure des ingénieurs des études et techniques d'armement) jusqu’en 1983.

Il exerce son premier emploi au ministère de la Défense, comme ingénieur spécialiste des propulsions des bâtiments de surface à la direction des constructions navales de Brest, avant de devenir chef des spécialités "mécanique et chaudronnerie" de l'arsenal en 1989.

Joël Allain travaille ensuite à la délégation générale pour l'armement en Bourgogne de 1992 à 1999. Il y est notamment, à partir de 1995, chargé de mission "PME-PMI" pour les régions Bourgogne et Franche-Comté, à la direction de la coopération et des affaires industrielles. Dans le même temps, de 1997 à 2000, il est délégué régional au redéploiement industriel et aux restructurations de défense pour ces deux régions. De 2000 à 2005, il exerce à la fois les fonctions de délégué régional aux restructurations de défense et de délégué régional aux mutations économiques de la région Centre.

Distinctions : chevalier dans l'ordre national de la Légion d'honneur, chevalier de l'ordre national du Mérite et chevalier dans l'ordre des Palmes académiques. 

Biographie mise à jour en avril 2014