Venue inaugurer jeudi 5 juin 2008 la bibliothèque centrale des grands moulins de Paris Diderot, Valérie Pécresse a essuyé les feux des critiques tant à l’extérieur qu’à l’intérieur du campus. Parquée dehors, derrière une grille, une centaine de manifestants, personnels étudiants et enseignants-chercheurs étaient réunis pour dénoncer la politique ministérielle sur la recherche. Rassemblés sous une banderole « CNRS : non à la casse » et exhibant un cercueil de carton dédié à la « recherche fondamentale », les manifestants n’ont pas réussi à entrer dans le hall de la bibliothèque où se tenaient les discours et cocktail d’usage.
A l’intérieur du bâtiment inauguré, la principale critique est venue de la bouche de Marc Lipinski. Dans son discours, le vice-président du conseil régional d’Ile-de-France en charge de l’enseignement supérieur a dénoncé l’absence de projets parisiens ou franciliens dans la première vague de l'opération campus. "Cette absence est incompréhensible alors même que certains projets comme celui de Paris-centre répondaient parfaitement aux critères" s’est emporté le vice-président qui a ensuite dénoncé une "procédure très pilotée et contrôlée". Marc Lipinski a également dénoncé les «attaques injustifiées » du gouvernement à l’encontre des collectivités locales « accusées de ne pas faire leur devoir ou de pratiquer le matraquage fiscal».
Très calme, la ministre a répondu en expliquant que si les projets parisiens répondaient à certains critères comme celui de l’urgence immobilière, ils pêchaient en revanche notamment sur la vie étudiante. « Ce thème nécessitait une vraie collaboration entre l’Etat, la Région et la Ville qui n’a malheureusement pas eu lieu.»
